Powstanie zespołu wiąże się z rozłamem wewnątrz zespołu Kaliber 44 - podczas nagrywania drugiej płyty, W 63 minuty dookoła świata, odszedł z niego Magik. W tym samym czasie Rahim opuścił zespół 3xKlan. Niedługo potem pojawia się Fokus z propozycją nowego składu i jeszcze w 1998 roku powstaje Paktofonika. Zespół początkowo istniał jako formacja pół-amatorska.

Pierwsze piosenki (Priorytety, Ja to Ja, Gdyby) zespołu powstały w październiku 1998 roku. Następnie do Paktofoniki dołączył DJ Bambus (scratche), oraz Sot (beatbox). Wiosną roku 2000 zespół podpisał kontrakt muzyczny z wytwórnią Gigant Records. Wakacje tego roku grupa spędziła w Witten (Niemcy), gdzie nagrali utwór 2 Kilo z niemieckimi artystami. Nagrali również freestyle, w których uczestniczyli Magik, Fokus, Kams, L.O. W tym samym roku, 18 grudnia ukazała się pierwsza płyta zespołu, zatytułowana Kinematografia, zawierająca 16 utworów. Największymi przebojami Paktofoniki były utwory Chwile ulotne i Jestem Bogiem. W utworze Jestem Bogiem wykorzystano fragment rozmowy telefonicznej z Radia Maryja, znanej jako Trzy słowa do ojca prowadzącego. Na płycie gościnnie wystąpił m.in. Gutek, Sot. Płyta ta już po premierze cieszyła się ogromnym powodzeniem u słuchaczy. Paktofonika została zaszczycona mianem najlepszej grupy hiphopowej w Polsce w roku 2001.

W osiem dni po wydaniu płyty, 26 grudnia o godzinie 6:15, wyskakując z dziewiątego piętra, popełnił samobójstwo Magik. Był to ogromny cios dla składu, rodziny i fanów. Po jego śmierci zespół kontynuował działalność koncertową, puszczając fragmenty wykonywane przez Magika ze ścieżki dźwiękowej, lecz po 3 latach działalność ta została rozwiązana przez Rahima i Fokusa na rzecz innych projektów.

W roku 2001 fragment utworu Ja to ja, śpiewany gościnnie przez Piotra "Gutka" Gutkowskiego, znalazł się w telewizyjnej reklamie lodów. Odbyło się to bez zgody zespołu, lecz w porozumieniu z wydawnictwem Gigant Records.

Niedługo potem zostaje wydana (w wersji CD oraz winylowej) płyta EP Jestem Bogiem, wzbogacona o 3 utwory z pierwszej płyty oraz 5 remiksów i teledysk (w wersji CD).

W kwietniu roku 2002 zespół zostaje nagrodzony Fryderykiem za najlepszy album hiphopowy w roku 2001, jednak w późniejszych komentarzach grupa lekceważyła znaczenie tej nagrody. 25 września 2002 została wydana druga, pożegnalna płyta zespołu - Archiwum kinematografii. Zawiera ona piosenki zarejestrowane podczas sesji nagraniowej do pierwszej płyty oraz partie dograne później, bez udziału Magika. Kilka miesięcy później, wiosną 2003 zespół ogłosił zakończenie działalności.

21 marca 2003 roku zespół zagrał pożegnalny koncert w Spodku w Katowicach. Wraz z biletami uczestnicy koncertu otrzymywali płytę z utworami zespołu. Wydano także relację z koncertu w formie DVD i VHS, jednak w 2005 roku jej sprzedaż została wstrzymana, ponieważ ukazała się nielegalnie.

Rahim i Fokus kontynuują działalność artystyczną m.in. w projektach PFK Kompany i Pokahontaz.

16 grudnia 2008 została wydana książka autorstwa Macieja Pisuka "Paktofonika - Przewodnik Krytyki Politycznej". Jej najważniejszym elementem jest scenariusz do filmu o Paktofonice i ostatnich dwóch latach życia Magika. Po wielu latach pisania scenariusza i szukania odpowiedniego reżysera, Leszek Dawid postanowił pomysł Pisuka zrealizować. Film ma nosić pierwotny tytuł Jesteś bogiem i ma być kręcony na jesieni 2010 roku.